새열 낭종은 태생기에 인두강의 폐쇄가 이루어지지 않아 발생하는 선천성 질환입니다. 대개 경부의 측면을 따라 발생하는 질환을 의미합니다. 이 질환은 위치에 따라 제1, 2, 3, 4 새열 이상으로 구분됩니다. 전체 질환의 95% 정도는 두 번째 인두강의 이상으로 인해 발생하는 제2 새열 낭종입니다. 대개 목 옆쪽에서 주머니 모양의 혹, 누공 형태로 발생합니다. 

새열 낭종은 태아가 자궁에서 발생하는 과정에서 이상이 생겨서 정상적으로는 막혀야 하는 작은 구멍(새열)이 막히지 않음으로써 발생합니다.

새열 낭종이 무증상의 종물 형태로 발생한다면, 추후 합병증의 가능성 혹은 미용상의 문제를 이유로 수술을 고려합니다. 이미 합병증이 발생하여 염증이 발생한 경우, 항생제를 사용한 약물 치료를 시행하여 염증을 줄인 이후에 수술을 시행해야 합니다. 약물에 반응하지 않는 경우, 불가피하게 바로 수술을 시행해야 할 수도 있습니다. 외과적 완전 절제 수술을 진행하여 관과 낭종을 적출해야 합니다. 다만 뚜렷한 내부 개구부를 찾을 수 없는 경우도 있습니다.